El Tribunal Supremo Electoral (TSE) cerró los Centros de Votación a las 17:00 hora local (23:00 GMT), aunque las personas que todavía estaban adentro de esos lugares podrán emitir el sufragio. La magistrada del TSE, Silvia Cartagena, anunció que el sistema de procesamiento de datos se puso a cero, para dar paso al conteo de votos a nivel nacional. El tribunal recordó que los únicos datos de resultados autorizados serán los que dará la instancia antes de las 21:00 horas (03:00 GMT). Los observadores internacionales e internacionales, así como las Juntas Receptoras de Votos, reportan mayor afluencia de votante que en las elecciones en primera en vuelta el pasado 2 de febrero, que habría superado las proyecciones. Las denuncias más recurrentes se refieren a "prepotencia y acciones de presión" que ejercieron miembros de la derechista Alianza Republicana Nacionalista (Arena), tanto en los centros de votación como con actos de campaña, prohibidos durante esta jornada. La directora de la Fundación de Estudios para la Aplicación del Derecho (FESPAD), Silvia Cuéllar, calificó como positivo el proceso electoral, el cual se desarrollo en tranquilidad. Sin embargo, denunció la prepotencia de Arena en los Centros de Votación y la movilización de areneros con pancartas en contra del presidente Mauricio Funes, en momento que emitía su voto, sin que haya funcionado la Fiscalía.
